Ένας πολύ σημαντικό Έλληνας “έφυγε” σαν σήμερα από τη ζωή. Ο Ανδρέας Αναγνωστάκης ήταν διεθνούς φήμης οφθαλμίατρος και πανεπιστημιακός δάσκαλος. Υπήρξε από τους θεμελιωτές της οφθαλμολογίας στη χώρα μας.
Το 1854 επέστρεψε στην Αθήνα και διορίστηκε διευθυντής του Οφθαλμιατρείου, θέση στην οποία παρέμεινε έως τον θάνατό του. Την ίδια χρονιά εξελέγη υφηγητής της οφθαλμολογίας και ωτολογίας στην Ιατρική Σχολή του Πανεπιστημίου Αθηνών, στη συνέχεια έκτακτος καθηγητής και τέλος τακτικός καθηγητής στις 27 Σεπτεμβρίου 1856. Με πρόταση της Ιατρικής Σχολής ενεκρίθη από το Υπουργείο να διδάσκει εκτός των μαθημάτων της ειδικότητάς του και «οιονδήποτε άλλο μάθημα θέλει της Χειρουργικής».
Διετέλεσε πρόεδρος του Α’ και του Β’ Πανελλήνιου Ιατρικού Συνεδρίου (1882 και 1885), διευθυντής της «Ιατρικής Εφημερίδος», συντάκτης του περιοδικού «Ασκληπιός» και συνεργάτης του ιατρικού περιοδικού «Annales d’ oculitistique», που εκδιδόταν στις Βρυξέλλες. Το όνομά του φέρει η εγχειρητική μέθοδος θεραπείας του εντροπίου (Εγχείρηση Αναγνωστάκη).
Δημοσίευσε πολλές μελέτες στα ελληνικά και τα γαλλικά. Κυριότερα έργα του είναι:
- Οφθαλμοσκόπιον Αναγνωστάκη (1854)
- Essai sur l’exploration de la retine et des milieu de l’oeil sur le vivant au moyen d’un nouvel opthalmoscope (1854)
- Περί εγχειρήσεως του εντροπίου και της τριχιάσεως (1857)
- De l’opthalmologie en Grece et en Egypte (1856)
- Στοιχεία οφθαλμολογίας (1861)
- Σύμμικτα οφθαλμολογίας (1861)
- Περί των οφθαλμικών παθών (1871)
- Τις ο εφευρέτης των μεγενθυντικών φακών (1873)
- Μελέται περί της οπτικής των αρχαίων (1878)
- Η υστερεκτομία παρ’ αρχαίοις (1891)
- Η ιατρική του Αριστοφάνους (1892)
- Περί ελληνικής καταγωγής των κυρτών φακών (α.χ.)
Κατά τη διάρκεια της πανεπιστημιακής του καριέρας, που διάρκεσε έως τον θάνατό του, διετέλεσε δύο φορές κοσμήτορας της Ιατρικής Σχολής (1868 και 1873) και μία φορά πρύτανης του Πανεπιστημίου Αθηνών το 1877.
Ο Ανδρέας Αναγνωστάκης πέθανε στην Αθήνα στις 27 Μαρτίου 1897.