Ο φούρνος μικροκυμάτων έχει συνδεθεί συχνά με την ιδέα του «γρήγορου» μαγειρέματος, όμως ο τρόπος με τον οποίο θερμαίνει το φαγητό είναι διαφορετικός από έναν συμβατικό φούρνο. Τα μικροκύματα προκαλούν κίνηση κυρίως σε μόρια που μπορούν να αλληλεπιδράσουν με το ηλεκτρομαγνητικό πεδίο, με αποτέλεσμα να παράγεται θερμότητα μέσα στο τρόφιμο.
Το γεγονός ότι το φαγητό θερμαίνεται γρήγορα δεν σημαίνει ότι χάνει αυτόματα περισσότερα θρεπτικά συστατικά. Όπως και σε κάθε μέθοδο μαγειρέματος, οι αλλαγές εξαρτώνται από το είδος του τροφίμου, τη θερμοκρασία, τον χρόνο και την ποσότητα νερού που χρησιμοποιείται.
Ορισμένες βιταμίνες είναι ευαίσθητες στη θερμότητα και στο νερό. Όταν ένα τρόφιμο βράζει για μεγάλο χρονικό διάστημα και στη συνέχεια πετάμε το νερό, μπορεί να χαθούν μέρος υδατοδιαλυτών συστατικών. Στον φούρνο μικροκυμάτων συχνά χρησιμοποιείται μικρότερη ποσότητα νερού και μικρότερος χρόνος θέρμανσης, κάτι που σε ορισμένες περιπτώσεις μπορεί να περιορίσει τέτοιες απώλειες.
Αυτό όμως δεν σημαίνει ότι ο φούρνος μικροκυμάτων είναι πάντοτε καλύτερος από κάθε άλλη μέθοδο. Η υπερβολική θέρμανση μπορεί να επηρεάσει τη γεύση, την υφή και ορισμένα θρεπτικά συστατικά, όπως συμβαίνει γενικότερα με το μαγείρεμα.
Ιδιαίτερη σημασία έχει και η ομοιόμορφη θέρμανση. Ένα πιάτο μπορεί να είναι πολύ ζεστό σε ένα σημείο και αρκετά κρύο σε άλλο. Για αυτό είναι χρήσιμο να ανακατεύουμε το φαγητό και να το αφήνουμε για λίγο μετά τη θέρμανση, ώστε να κατανεμηθεί καλύτερα η θερμοκρασία.
Επίσης, πρέπει να χρησιμοποιούνται δοχεία κατάλληλα για φούρνο μικροκυμάτων και όχι οποιοδήποτε πλαστικό ή μεταλλικό σκεύος.
Ο φούρνος μικροκυμάτων, επομένως, δεν «καταστρέφει» από μόνος του τη θρεπτική αξία ενός τροφίμου. Όπως συμβαίνει με κάθε τρόπο μαγειρέματος, σημασία έχουν κυρίως ο χρόνος, η θερμοκρασία και ο τρόπος προετοιμασίας.
