Κάθε στιγμή ο οργανισμός μας έρχεται σε επαφή με αμέτρητους μικροοργανισμούς, όπως βακτήρια, ιούς και μύκητες. Παρότι πολλοί από αυτούς δεν προκαλούν πρόβλημα, το ανοσοποιητικό σύστημα πρέπει να μπορεί να ξεχωρίζει τους πιθανούς εισβολείς από τα κύτταρα του ίδιου του οργανισμού. Για να το πετύχει, χρησιμοποιεί ένα πολύπλοκο σύστημα αναγνώρισης μορίων και κυτταρικών σημάτων.
Το ανοσοποιητικό δεν «βλέπει» έναν μικροοργανισμό όπως τον βλέπουμε εμείς. Αναγνωρίζει συγκεκριμένα μόρια στην επιφάνειά του ή στο εσωτερικό μολυσμένων κυττάρων. Αυτά τα μόρια μπορεί να διαφέρουν σημαντικά από εκείνα που χαρακτηρίζουν τα φυσιολογικά ανθρώπινα κύτταρα. Ορισμένες από αυτές τις ξένες δομές ονομάζονται αντιγόνα και μπορούν να ενεργοποιήσουν την προσαρμοστική ανοσολογική απόκριση.
Στην πρώτη γραμμή άμυνας βρίσκεται η έμφυτη ανοσία. Ειδικά κύτταρα διαθέτουν υποδοχείς που αναγνωρίζουν χαρακτηριστικά μοτίβα τα οποία συναντώνται συχνά σε μικροοργανισμούς αλλά δεν υπάρχουν φυσιολογικά στα ανθρώπινα κύτταρα. Όταν εντοπιστούν τέτοια μοτίβα, ενεργοποιείται μια σειρά αντιδράσεων που μπορεί να προκαλέσουν φλεγμονή και να προσελκύσουν περισσότερα κύτταρα άμυνας στην περιοχή.
Στη συνέχεια μπορεί να ενεργοποιηθεί η προσαρμοστική ανοσία, η οποία είναι πιο εξειδικευμένη. Τα Β και Τ λεμφοκύτταρα αναγνωρίζουν συγκεκριμένα αντιγόνα μέσω ειδικών υποδοχέων. Τα Β λεμφοκύτταρα μπορούν να παράγουν αντισώματα που συνδέονται με συγκεκριμένες ξένες ουσίες, ενώ τα Τ λεμφοκύτταρα μπορούν να αναγνωρίζουν μολυσμένα κύτταρα ή να συντονίζουν άλλες ανοσολογικές αντιδράσεις.
Η διαδικασία είναι ιδιαίτερα αυστηρά ρυθμισμένη, επειδή το ανοσοποιητικό πρέπει να αποφεύγει επιθέσεις εναντίον των ίδιων των κυττάρων του σώματος. Υπάρχουν μηχανισμοί «ανοχής» που βοηθούν τα ανοσολογικά κύτταρα να μην αντιδρούν σε φυσιολογικά συστατικά του οργανισμού. Όταν αυτοί οι μηχανισμοί δεν λειτουργούν σωστά, μπορεί να προκύψουν αυτοάνοσες αντιδράσεις.
Η αναγνώριση δεν σημαίνει πάντα ότι ένας μικροοργανισμός θα προκαλέσει ασθένεια. Το ανοσοποιητικό σύστημα αλληλεπιδρά καθημερινά και με μικρόβια που ζουν φυσιολογικά στο σώμα, ιδιαίτερα στο έντερο, χωρίς να τα αντιμετωπίζει απαραίτητα ως απειλή.
Έτσι, το ανοσοποιητικό σύστημα λειτουργεί περισσότερο σαν ένα εξαιρετικά σύνθετο σύστημα αναγνώρισης παρά σαν ένας απλός «διακόπτης» ξένου και δικού μας. Συνδυάζει μοριακά χαρακτηριστικά, κυτταρικά σήματα και πληροφορίες από το περιβάλλον των ιστών, ώστε να αποφασίσει πότε χρειάζεται να ενεργοποιήσει την άμυνα του οργανισμού.
